En 1700 Bach comenzó a ganarse la vida como miembro del coro de la iglesia de San Miguel, en Lüneburg. En 1703 pasó a ser violinista de la orquesta de cámara del príncipe Johann Ernst de Weimar, pero más tarde, ese mismo año, se fue a Arnstadt, donde se convirtió en organista de iglesia.
En octubre de 1705 Bach consiguió un mes de permiso para estudiar con Dietrich Buxtehude, renombrado organista y compositor danés, aunque afincado en Alemania, quien por entonces se encontraba en Lübeck y cuya música influyó enormemente en Bach.
Esta visita le gustó tanto que prolongó su estancia un mes más de lo acordado, lo que levantó críticas por parte de las autoridades eclesiásticas, que además se quejaban de las extravagantes florituras y armonías con las que acompañaba a la congregación en sus cantos religiosos.
A pesar de todo, su arte ya era demasiado respetado como para que estas críticas pudieran desembocar en su despido. En 1707 se casó con María Bárbara Bach, prima segunda suya, y marchó a Mülhausen como organista en la iglesia de San Blasius. Al año siguiente volvió a Weimar como organista y violinista de la corte del duque Wilhelm Ernst.
Allí permaneció durante los siete años siguientes, y se convirtió en concertino de la orquesta de la corte en 1714. En Weimar compuso unas 30 cantatas, incluida la conocida cantata de funeral Gottes Zeit ist die allerbeste Zeit (El tiempo de Dios es el mejor), y también compuso obras para órgano y clavicémbalo.
Comenzó a viajar por Alemania como virtuoso del órgano y como asesor de organeros. En 1717 Bach comenzó en un nuevo trabajo, que duró seis años, como maestro de capilla y director de música de cámara en la corte del príncipe Leopoldo de Anhalt-Köthen. Durante este periodo escribió fundamentalmente música profana para conjuntos instrumentales e instrumentos solistas.
También compuso libros de música para su mujer e hijos, con el objeto de enseñarles la técnica del teclado y el arte de la música en general. Estos libros incluyen el Clave bien temperado, las Invenciones y el Pequeño libro de órgano.
Un año después de que su primera mujer muriera en 1720, Bach se casó con Ana Magdalena Wilcken, cantante e hija de un músico de la corte que le dio trece hijos, además de los siete que había tenido con su anterior mujer, y lo ayudó en la labor de copiar las partituras de sus obras para los músicos que debían interpretarlas.
Bach se trasladó a Leipzig en 1723 y allí permaneció el resto de sus días.
Su cargo de director musical y jefe de coro en la iglesia de Santo Tomás y en la escuela eclesiástica de Leipzig no le satisfacía por diversas razones: tenía disputas continuas con los miembros del consejo municipal, y ni ellos ni el pueblo apreciaban su talento musical. Lo veían como a un anciano estirado que se aferraba a formas obsoletas de música.
A pesar de ello, las 202 cantatas que nos han quedado de las 295 que compuso en Leipzig todavía se siguen escuchando, mientras que música que entonces parecía novedosa ha quedado en el olvido.
La mayoría de las cantatas se inician con una sección de coro y orquesta, a ella sigue una alternancia de recitativos y arias para voces solistas y acompañamiento, y concluyen con un coral basado en un simple himno luterano La música está siempre muy ligada al texto, y lo ennoblece con su expresividad e intensidad espiritual.
Entre estas obras destacan la Cantata de la Ascensión y el Oratorio de Navidad, formado este último por seis cantatas.
Las Pasiones según san Juan y según san Mateo también están escritas durante el periodo de su estancia en Leipzig, al igual que su magnífica Misa en si menor.
Entre las obras para teclado compuestas durante este periodo destacan las famosas Variaciones Goldberg, el segundo libro del Clave bien temperado y el Arte de la fuga, magnífica demostración de su conocimiento contrapuntístico, formada por 16 fugas y cuatro cánones, todos sustentados en el mismo tema. Bach comenzó a quedarse ciego el último año de su vida, y murió el 28 de julio de 1750, después de someterse a una fallida operación ocular. © M.E.